活佛转世制度的产生，从本质上说，是来源于寺庙经济的出现。据《青史》记载，藏历第五绕迥水羊年（1283），拉萨西北群山中的楚布寺，法号鸣咽，佛幡低垂，寺主嘎玛拔希已处于弥留状态。突然噶玛拔希睁张双眼，盘腿坐了起来。他把弟子邬坚巴叫到跟前，语句清晰地说：“我要暂时离开这里，我死后，在远方的拉堆，一定会出现一名继承后黑帽派密法的传人，在他未来之前，你就暂时作为佛的代理。”说完，他摘下头上的金边佛帽，戴在邬坚巴的头上，旋即示寂。

噶玛拔希是噶举派创始人玛尔巴的三传弟子，他一生修炼密法，对祖师玛尔巴口传的“那饶六法”有独到的领悟。在当时800多个修行者中，他以坚忍修持著名，终于修成大师。他修成大成就者后领有徒众7000人，并先后兴建了噶玛丹萨寺和楚布寺，形成西藏著名的噶玛噶举派。因师傅堆松钦巴戴黑帽传法，后人又将这一派称为黑帽派。

公元1284年，在噶举派主师米拉日巴的故乡后藏贡塘地方，一个孩子出生了。5年后他被确认为噶玛拔希的转世灵童，这是藏传佛教史上第一次确认一个幼童为前辈僧人的转世。1289年，这个孩子被迎请到楚布寺，随噶玛拔希的弟子邬坚巴出家，取法名为攘迥多吉。《青史》上详细记载了当时的情形：当噶玛拔希的转世灵童被迎请到楚布寺时，噶玛拔希的弟子邬坚巴在楚布寺的经堂上摆设了一个高座，并声称是为师傅准备的。当攘迥多吉随父母来到楚布寺时，他无拘无束，大大方方地坐到了邬坚巴对面的高座上。邬坚巴十分惊奇，他问道“孩子，你为什么坐到我师傅的位子上？”攘迥多吉回答说：“你上师就是我。”郎坚巴一下子想起了师傅的遗言，知道这孩子就是师傅的转世，于是说“现在你坐到下面来。” 于是给他传授殊胜菩提心仪轨和一些教义。

活佛转世制度的创建，应该说是噶玛噶举派对藏传佛教的一大贡献。在活佛转世制创建以前，西藏各大教派的传承主要有二种方式，一种是父子或家族传承，一种是师徒传承。宁玛派是以父子传承的，这个教派可以娶妻生子，于是子承父业。宁玛派的重要代表人物“三素尔”，就是祖孙三代。宁玛派祖庭为雅鲁藏布江南北两岸的敏珠林寺和多吉扎寺，在16至17世纪中叶，这两座寺院分别以父子和翁婿相传。甚至到现在敏珠林寺还是父子相传。萨迦派是在家族内传承法统的。萨迦派第一位祖师是贡嘎宁波，他死后将寺主传给次子款索南泽摩，为第二位祖师，卒后将其位传给弟弟款扎巴赞，称第三位祖师，死后又将法统传给其侄儿，这就是历史上有名的萨迦贡嘎坚赞，再其后传给侄子八思巴，为萨迦第五代祖师。八思巴追随元始祖忽必烈，被封为帝师，使萨迦派取得西藏的统治地位，显赫一时。师徒传承的主要是噶当派，其祖师仲敦巴，收有很多弟子。他在世时修建了热振寺，卒后将热振寺传给弟子贡巴哇继承。以后一代一代，这种师徒传承法统延袭至今。

创建于公元13世纪的活佛转世，是有其特殊的社会历史背景的。当时西藏佛教正处于后宏期，各教派林立，纷纷建立寺院，并逐渐形成了独立的寺庙经济，不仅拥有自己的土地、牲畜和牧场，还有自己的属民。由于政治和经济上的原因，各个教派之间展开了激烈的竞争和吞并，每个教派都不希望自己被别的教派吃掉，都希望自己的教派兴旺发达、后继有人。正是在这种情况下，活佛转世应运而生。活佛转世创立后，为许多教派所效法，象宁玛派的多吉扎寺，噶举派香巴噶举的桑顶寺和直贡寺等等都先后改为活佛传承。

如果说是噶举派创造了活佛转世，那么将活佛转世进一步发扬光大则是格鲁派。格鲁派创建于十五世纪，其建立后，所有大小寺院都是以活佛转世传承，他们不仅继承和完善了活佛转世制，形成了一整套传统仪轨和历史惯例，而且形成了完备的活佛转世理论。